Pasca perubahan status dari Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Purwokerto pada tahun 2015, struktur organisasi dan kelembagaan kampus mengalami perkembangan signifikan. Berdasarkan PMA Nomor 3 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja IAIN Purwokerto, lembaga ini terdiri dari tiga organ utama: 1. Organ Pengelola; 2. Organ Pertimbangan; dan 3. Organ Pengawas. Dimana Satuan Pengawasan Internal (SPI) ditetapkan sebagai organ pengawas yang berada langsung di bawah dan bertanggung jawab kepada Rektor.
Cikal bakal SPI di lingkungan Perguruan Tinggi Keagamaan Negeri (PTKN) dimulai pada tahun 2016, ketika diadakan Forum Group Discussion (FGD) SPI PTKIN di Mataram pada tanggal 21–23 Juli 2016. Forum ini menjadi titik awal pembentukan sistem pengawasan internal di PTKN.
Sebagai tindak lanjut dari hasil FGD tersebut, Kementerian Agama kemudian menerbitkan Peraturan Menteri Agama (PMA) Nomor 25 Tahun 2017 tentang Satuan Pengawasan Internal pada PTKN, yang diundangkan pada 4 Agustus 2017. PMA ini menjadi landasan hukum nasional bagi pembentukan SPI di seluruh PTKN, termasuk di IAIN Purwokerto.
SPI memiliki tugas utama melaksanakan pengawasan non-akademik, meliputi bidang keuangan, kepegawaian, perencanaan, pengelolaan sarana-prasarana, serta sistem tata kelola institusi. SPI juga berperan memperkuat penerapan prinsip tata kelola yang baik (good governance) di lingkungan IAIN Purwokerto.
Sebagai implementasi ketentuan tersebut, Rektor IAIN Purwokerto kemudian menetapkan SK Nomor 305 Tahun 2018 tentang pengangkatan pejabat SPI, yang menandai berdirinya secara resmi Satuan Pengawasan Internal IAIN Purwokerto. SPI periode pertama ini dikepalai oleh Dr. H. Sulkhan Chakim, M.M., dengan sekretaris Zuri Pamuji, M.Pd.I, dan anggota: Abu Dharin, M.Pd., Donny Khoirul Aziz, M.Pd.I, serta Siti Ma’sumah, M.Si. Masa tugas personsel SPI periode pertama di IAIN Purwokerto hanya 1 tahun, yakni tahun 2018 – 2019, dikarenakan mengikuti periode kepemimpinan Rektor IAIN Purwokerto. Adapun personel SPI periode kedua, memiliki tugas dari tahun 2020 – 2022. SPI Periode kedua ini dikepalai oleh Dr. H. Munjin, M.Pd.I., dengan sekretaris Zuri Pamuji, M.Pd.I, Staff Tata Usaha Fauziyah, S.H.I., M.E dan Dinda Nur Hakim, S.E., serta anggota: Abu Dharin, M.Pd., Donny Khoirul Aziz, M.Pd.I., dan Siti Ma’sumah, M.Si. Pada periode ini terdapat penambahan satu personil mutasi dari Inspektorat Jenderal Kementerian Agama a.n. Siti Farida, S.E., M.E masuk ke bagian Staff Tata Usaha. Kemudian pada tahun 2022 dua orang personil SPI diangkat menjadi Sekprodi a.n. Abu Dharin, M.Pd dan Kasubag Pasca a.n. Fauziyah, S.H.I. Periode selanjutnya 2023 – 2027 dikepalai Prof. Dr. Rohmad, M.Pd., dengan sekretaris Siti Farida, S.E., M.E. Departemen Konsultasi (Tata Kelola & Manajemen Risiko) Ryan Fahmi Hikmat, S.E., M.M., dan Dewi Masitoh, S.E. Departemen Assurance (Pengawasan & Pengendalian Intern) Rini Meliana, M.Ak., dan Dinda Nur Hakim, S.E. Departemen Hukum dan Penyelesaian Tindak Lanjut Anggita Isty Intansari S.H.I., M.E.I dan Sulistyono, S.H. Pada tahun 2025 dua personil SPI dipindahtugaskan ke unit lain a.n Rini Meliana M.Ak dan Dewi Masitoh, S.E. Dan pada tahun yang sama terdapat penambahan personil empat Auditor: Nurhuda Sarjono Mukti, S.E., Annisa Delima Wati, S.E., Eva Nur Safitri, S.E., dan Intan Saputri, S.Ak. Sehingga personil SPI saat ini berjumlah 10 orang yang terdiri dari Kepala, Sekretaris, Departemen, dan Auditor.