Satuan Pengawas Internal (SPI) IAIN Purwokerto merupakan organ pengawas institusi yang secara khusus keberadaanya berlandaskan pada Peraturan Menteri Agama (PMA) RI No 25 Tahun 2017 Tentang. Satuan Pengawasan Internal Pada Perguruan Tinggi Keagamaan Negeri. Kemudian dalam konteks IAIN Purwokerto, SPI mulai melaksanakan fungsinya pada tahun 2018 ditandai dengan dilantiknya Kepala, Sekretaris dan Anggota SPI berdasarkan Keputusan Rektor No. 305 Tahun 2018 dengan urain personel sebagai berikut: Dr. H. Sulkhan Chakim, M.M. (Kepala), Zuri Pamuji, M.Pd.I (Sekretaris), Anggota: Abu Dharin, M.Pd., Donny Khoirul Azis, M.Pd.I dan Siti Ma’sumah, M.Si . Pada periode pertama ini, SPI IAIN Purwokerto dalam menjalankan roda organisasi dibantu oleh satu orang staff administrasi., yakni Fauziyah, S.H.I Setelah menjalankan tugas kurang lebih sampai satu tahun/sampai dengan bulan April 2019, struktur organisasi SPI mengalami perubahan dikarenakan adanya pergantian Rektor IAIN Purwokerto periode tahun 2019 – 2023.

Adapun Periode kedua SPI IAIN Purwokerto dimulai pada tahun 2019, yang ditandai dengan dilantiknya Kepala, Sekretaris dan Anggota SPI pada tahun 2019 bersamaan dengan Pelantikan Pejabat Struktural lainnya. Adapun personelnya yakni: Dr. H. Munjin, M.Pd.I (Kepala), Zuri Pamuji, M.Pd.I (Sekretaris), Anggota: Abu Dharin, M.Pd., Donny Khoirul Azis, M.Pd.I dan Siti Ma’sumah, M.Si. Pada periode kedua ini, SPI IAIN Purwokerto dalam menjalankan roda organisasi dibantu oleh dua orang staff administrasi., yakni Fauziyah, S.H.I dan Dinda Nur Hakim, S.E.